Бассейн реки Сестры находится в центральной части Карельского перешейка. На севере верховья реки протекают по Лемболовской возвышенности. Территория, на которой Сестра собирает свои воды, имеет вытянутую с севера на юг удлинённую форму с длиной бассейна 31 километр и средней шириной 12 километров. Максимальная ширина 20 километров.

С запада бассейн Сестры от соседних бассейнов отделен холмами и грядами. На других участках граница водораздела проходит в основном по равнинной местности, местами заболоченной. Снижение высот бассейна от 179,5 метров Балтийской системы высот в северной части до 10-20 метров в нижнем течении реки происходит плавно. Грунтовые породы в основном представлены кембрийскими глинами и песчаниками, которые сверху покрыты четвертичными отложениями. Почвы в бассейне Сестры преимущественно супесчаные, реже суглинистые, очень часто встречаются торфянистые образования.

Долина реки Сестра имеет трапецеидальную форму со средней шириной 200 300 метров, местами она увеличивается до 400-500 метров, наименьшая ширина около 150 метров. Склоны долины умеренно рассечённые, их средняя высота 10-15 метров, достигает 32 метров, минимальная — 6 метров. Вдоль русла у подножия склонов имеется большое количество родников, свидетельствующие об обильных выходах грунтовых вод.

источник